(3) 세율 및 세액
지방세법 제12조 제1항 제1호에 의하면 선박의 수입에 의한 취득 및 주문 건조에 의한 취득의 경우 납부해야 할 취득세율은 1천분의 20.2(2.02%)이지만, 연부 취득의 경우에는 지방세법 제15조의 특례규정이 적용돼 취득세율이 1천분의 20(2%)이 되며, 용선자는 위 취득세 이외에 2/10000(0.02%)에 해당하는 취득세(실질은 등록세)를 선박에 대한 소유권 취득시(즉, 선박등기 전) 납부해야 한다.
(4) 납세의무자
국적취득조건부나용선에서 취득세 납부의무자는 용선자가 될 것이다. 한편, 관련 질의회신(세정13407-122)에 의하면, 지방세법 제105조 제2항에서 선박의 취득에 있어서는 선박법에 의한 등록을 하지 아니한 경우라도 사실상으로 취득한 때에는 각각 취득한 것으로 보고 당해 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다고 규정하고 있으므로 국내 리스회사가 외국인 소유의 선박을 국적취득조건부나용선계약에 의거 국내에 들여와 대여시설이용자에게 대여된 상태에서 당해 선박을 취득해 대여시설이용자(금융리스이용자)에게 소유권을 이전하는 경우라면 당해 선박에 대한 취득세는 리스회사와 리스이용자 각각에게 취득세 납세의무가 있다고 한다.
다. 특별법에 따른 취득세 납부 의무의 감면 등
(1) 관련 법령
1) 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법
제221조(선박등록특구의 지정) ① 선박등록을 활성화하기 위해 「개항질서법」 제3조의 규정에 의한 제주자치도 내 개항을 선박등록특구로 지정한다.
②「국제선박등록법」 제4조의 규정에 의해 해양수산부장관에게 등록한 선박으로서 제1항의 규정에 의한 개항을 선적항으로 하는 선박과 대통령령이 정하는 외국선박에 대해서는 「지방세특례제한법」 및 「농어촌특별세법」이 정하는 바에 따라 취득세, 재산세, 「지방세법」 제146조제2항에 따른 지역자원시설세, 지방교육세 및 농어촌특별세를 면제할 수 있다. <개정 2008.2.29., 2010.3.31., 2013.3.23.>
③선박등록특구의 지정 및 운영 등에 관해 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
2) 국제선박등록법
제3조(등록대상 선박) ① 국제선박으로 등록할 수 있는 선박은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 선박으로 한다. 다만, 국유·공유 선박과 「어선법」 제2조제1호에 따른 어선은 제외한다.
1. 대한민국 국민이 소유한 선박
2. 대한민국 법률에 따라 설립된 상사(商事) 법인이 소유한 선박
3. 대한민국에 주된 사무소를 둔 제2호 외의 법인으로서 그 대표자(공동대표인 경우에는 그 전원을 말한다)가 대한민국 국민인 경우에 그 법인이 소유한 선박
4. 외항운송사업자가 대한민국 국적을 취득할 것을 조건으로 임차(賃借)한 외국선박
제4조(등록절차) ① 국제선박으로 등록하려는 등록대상 선박의 소유자 또는 외항운송사업자(이하 “선박소유자등”이라 한다)는 해양수산부령으로 정하는 바에 따라 해양수산부장관에게 등록을 신청해야 한다. 이 경우 선박소유자등은 국제선박으로 등록하기 전에 「선박법」 제8조제1항 및 제2항에 따라 그 선박을 선박원부(船舶原簿)에 등록하고 선박국적증서를 발급받아야 한다. <개정 2013.3.23.>
② 해양수산부장관은 제1항에 따른 국제선박의 등록신청을 받은 경우에는 그 선박이 제3조에 따른 국제선박의 등록대상이 되는 선박인지를 확인한 후, 등록대상인 경우 지체 없이 이를 국제선박등록부에 등록하고 신청인에게 국제선박등록증을 발급해야 한다. <개정 2013.3.23.>
③ 제2항에 따라 등록된 국제선박의 선박소유자등은 그 등록사항이 변경된 경우에는 그 사실이 발생한 날부터 1개월 이내에 해양수산부령으로 정하는 바에 따라 해양수산부장관에게 변경등록을 신청해야 한다. <개정 2013.3.23.>
3) 지방세특례 제한법
제64조(해운항만 등 지원을 위한 과세특례)
① 「국제선박등록법」에 따른 국제선박으로 등록하기 위해 취득하는 선박에 대해는 2015년 12월 31일까지 「지방세법」 제12조제1항제1호의 세율에서 1천분의 20을 경감해 취득세를 과세하고, 과세기준일 현재 국제선박으로 등록돼 있는 선박에 대해는 2015년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감하며, 2015년 12월 31일까지 「지방세법」 제146조제2항에 따른 지역자원시설세를 면제한다. 다만, 선박의 취득일부터 6개월 이내에 국제선박으로 등록하지 아니하는 경우에는 감면된 취득세를 추징한다
② 연안항로에 취항하기 위해 취득하는 대통령령으로 정하는 화물운송용 선박과 외국항로에만 취항하기 위해 취득하는 대통령령으로 정하는 외국항로취항용 선박에 대해는 2015년 12월 31일까지 「지방세법」 제12조제1항제1호의 세율에서 1천분의 10을 경감해 취득세를 과세하고, 과세기준일 현재 화물운송용과 외국항로취항용에 사용하는 선박에 대해는 2015년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다. <개정 2010.12.27., 2011.12.31., 2013.1.1.>
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우
<계속>
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